Die Behandlung der Markschwammniere umfasst neben der renalen tubulären Azidose die Harnsteinsanierung, insbesondere obstruierender Konkremente und die antibiotische Therapie des Harnwegsinfektes. Unterstützend können auch Schleifendiuretika (z.B. Furosemid) eingesetzt und im Rahmen einer "forcierten Diurese" sollte die Trinkmenge deutlich erhöht bzw. die Substitution von Zitrat veranlasst werden.
Die Behandlung der rezidivierenden Harnsteinbildung bei Markschwammnieren muss die multiple Steinbildung in den Sammelrohren bedenken und die erhebliche Rezidivneigung berücksichtigen. In Einzelfällen ist zur Beseitigung der obstruierenden Konkremente im Nierenbecken und im Harnleiter eine gezielte ESWL-Therapie vertretbar. Darüber hinaus wird man sich aber auf die Infektbehandlung und "forcierte Diurese" beschränken. Völlige Steinfreiheit ist im Allgemeinen nicht zu erzielen.