Kongenitale Kurvaturen und Torsionen des Penis, penile Hautverwachsungen ("Schwimmhäute") Mikropenis und Lymphödeme sowie Lichen sclerosus et atrophicans des Präputiums bzw. Phimose gehören zu Fehlbildungen oder sekundären Alterationen des Penis, die in der Regel operative Korrektur bedürfen.
Beim Maldeszensus testis ist eine Endokrinopathie ursächlich. Verschiedene Lokalisationen des Hodens bedürfen einer unterschiedlichen Behandlung (Leisten-,Pendel- Bauchhoden). Von Bedeutung ist der möglichst frühzeitige Korrekturzeitpunkt.
Die erweiterten Venen des Plexus pampiniformis - Varikozele sollten insbesondere bei Jugendlichen einer Ligatur zugeführt werden,da hier die über Jahre bestehende venöse Abflussbehinderung nachhaltig auf die Fertilität einwirken kann.
Hydrozelen (primär oder sekundär) entstehen kongenital infolge mangelnder Obliteration des Proc. vaginalis peritonei beim Deszensus. Differentialdiagnotisch sind die Hydrozelen von Hodentumoren zu unterscheiden. Diaphanoskopie und Sonographie führen zur Diagnose. Therapeutisch ist die Operation bei Persistenz der Flüssigkeitsansammlung über das erste Lebensjahr hinaus notwendig.
Fehlbildungen der ableitenden Samenwege beruhen auf kongenitalen Anomalien des Wolffschen Ganges und führen am Nebenhoden zu Agenesie und fehlerhaften Verbindungen der Ductuli efferentes mit dem Nebenhodenkanal, Agenesie des Ductus deferens bzw. zu Agenesie der Samenblasen. Verschiedene Zysten der Prostata wie die Müller-Gang-Zyste können zu entzündlichen Veränderungen führen. Samenleiteranomalien geben Hinweis auf eine Nierenaplasie. Bedeutung der Rötelninfektion während der Schwangerschaft für das Entstehen von Missbildungen im Bereich der ableitenden Samenwege.